国航、南航、东航均属于中国民航局管辖。国航总部在北京，南航总部在广州，东航总部在上海。
中国国际航空（国航）的总部设在北京，并辖有成都、重庆、杭州、上海、天津、内蒙古、武汉、贵州、大连和西藏等分公司，中国南方航空（南航）的总部在广州，设有新疆、北京、深圳、海南等15家分公司和厦门航空、汕头航空、贵州航空等数家控股子公司，中国东方航空（东航）的基地在上海，同时在北京、石家庄、青岛、合肥、南昌、太原、宁波、兰州、江苏、成都、武汉、昆明、西安和郑州等地也有设立分公司或运营基地。
虽然这些航空公司都在各自的总部有一定的管辖权，但由于航线众多和机队规模大，使得单一的基地很难满足所有功能，很多城市都成为了航空公司的基地城市，对于国航来说，西南地区的航班如成都和重庆会由其主导；而对于南航来说，华南地区以及华中地区的航班如武汉则会是其主力，三大航也因为历史兼并任务具有明显的地区差异性，例如华东和西北地区的首选通常是东航。
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